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南京農業大學的研究生教育具有悠久的歷史，為我國的農業教育、科技、管理和生產做出了重要貢獻。學校前身私立金陵大學農學院和國立中央大學農學院于1936-1945年共招收和培養了65名研究生，占當時全國農科的50%。新中國成立后，南京農學院于1949-1966年，累計招收和培養了64名研究生。兩期培養的研究生成為我國農科重要的學科帶頭人和骨干。
1981年我國實施學位制度后，南京農業大學成為我國首批有權授予博士、碩士學位的單位之一，同時有權授予同等學力博士和碩士學位，開展專業學位研究生教育，面向在職人員舉行碩士研究生入學單獨考試，接受和推薦優秀應屆大學本科畢業生免試攻讀碩士學位，面向港澳臺招收研究生，自費招收國外留學生，開展“碩-博連讀”和“學-碩連讀”試點，自行審定博士生指導教師和自行審批碩士點。1999年，被國家教育部和國務院學位委員會授予“全國學位與研究生教育管理工作先進集體”。2000年6月經教育部批準建立研究生院。
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